Muzeum bylo založeno roku 1911. První skutečná expozice však vznikla až v letech 1937-1938, kdy se muzeum přestěhovalo do propůjčených prostor v brandýském zámku. Roku 1975 získalo muzeum do své správy objekt Arnoldinovského domu na brandýském náměstí. Po více než desetiletých rekonstrukčních pracích zde byla roku 1989 otevřena expozice s názvem "Brandýsko v proměnách času". Později došlo k přetvoření expozice do současné podoby. Dalším brandýským objektem muzea je renezanční katovna. Zchátralou katovnu získalo muzeum v polovině 60. let. V letech 1971-1973 byla opravena a umístěny v ní expozice o přírodních poměrech v okrese Praha-východ a expozice útrpného práva. Nová expozice útrpného práva, která je zde k vidění dodnes, v objektu vznikla po další rekonstrukci kolem přelomu tisíciletí.